Peces
La col·lecció, que actualment compta amb 1.568 objectes, va constituir el nucli inicial del museu (1916). Composta principalment per espècimens animals —una part d’ells provinents del Zoo de Barcelona, del qual Darder va ser el primer director—, i per uns pocs objectes etnològics, destaquen especialment dos búfals domèstics o carabaos (Bubalus bubalis), originaris de Filipines i dissecats per Darder el 1888. Un d’ells es troba en exposició al museu, mentre que de l’altre només en resta l’esquelet. També sobresurten un lleó, un ximpanzé i diversos micos.
La col·lecció també compta amb noranta cranis humans autèntics i tres mòmies (una egípcia, una peruana i una altra mexicana).