El fons del Museu de Ciències Naturals de Barcelona té els seus orígens al Museu Martorell, construït entre 1878 i 1882 al parc de la Ciutadella per acollir el llegat del naturalista Francesc Martorell i Peña (1822-1878). Al 1906, l’Ajuntament de Barcelona va crear la Junta Municipal de Ciències Naturals, que regia el Museu Martorell, el Zoològic, el Museu Zootècnic, l’Hivernacle i l’Umbracle.
L’any 2000, els Museus de Zoologia i de Geologia van ser unificats sota el nom de Museu de Ciències Naturals de la Ciutadella. Al 2008 va continuar el procés de reunificació amb la integració del Jardí Botànic. També es va establir una relació estable de treball amb l’Institut Botànic en l’àrea de programes públics i administració. El museu ha anat creixent amb col·leccions aportades per naturalistes, col·leccionistes, caçadors i diverses institucions.
Malgrat que la ingent quantitat d’espècimens que acumulen els museus de ciències naturals constitueix el retrat i la manifestació més tangible de l’espoli que es va dur a terme als antics territoris colonitzats, les antigues colònies, aquests museus han estat més tardans en ser incorporats als debats internacionals sobre la seva relació amb l’aparell colonial, a diferència dels museus d’etnologia i d’història.
A tot això, s’hi afegeix la dificultat que els «bitxus i animals morts» tenen poc interès en certs circuits, cosa que sovint relega a l’ombra la seva importància en el desenvolupament científic.
