Llibres i manuscrits
La col·lecció, que inclou diversos gèneres i temes, es conserva a la biblioteca i a l’arxiu. Destaquen els documents manuscrits, que són un dipòsit important de materials com ara correspondència, informes i retalls de premsa relacionats amb les circumstàncies de les Filipines. Aquesta col·lecció és crucial per a comprendre la situació filipina durant el darrer terç del segle xix, sent un dels arxius documentals més importants de l’Estat espanyol sobre el país, comparable a institucions prestigioses com l’Arxiu Històric Nacional i l’Arxiu General d’Índies.
Objectes
La col·lecció del museu comprèn principalment armament i objectes etnogràfics, però el recompte exacte d’objectes és complicat a causa de mancances i d’errors en els inventaris. Actualment, hi ha més de quatre-cents objectes, incloent-hi artefactes de les Filipines (Luzon, Mindanao i Sulu), les Carolines i Palau. Molts articles de la col·lecció provenen de l’Exposició General de les Illes Filipines de 1887 a Madrid, promoguda per Víctor Balaguer. Les contribucions d’altres figures de l’època colonial també formen part de la col·lecció.
