Libros y manuscritos
La colección, que incluye géneros y temas diversos, se conserva en la biblioteca y en el archivo. Destacan los documentos manuscritos, que son un depósito importante de materiales como por ejemplo correspondencia, informes y recortes de prensa relacionados con las circunstancias de Filipinas. Esta colección es crucial para comprender la situación filipina durante el último tercio del siglo XIX, siendo uno de los archivos documentales más relevantes del Estado español sobre el país, cuyo prestigio es comparable al de instituciones como el Archivo Histórico Nacional y el Archivo General de Indias.
Objetos
La colección del museo comprende principalmente armamento y objetos etnográficos, pero el recuento exacto de piezas es complicado debido a carencias y errores en los inventarios. En la actualidad, hay más de cuatrocientos objetos, incluyendo artefactos de Filipinas (Luzón, Mindanao y Sulú), las Carolinas y Palau. Muchos artículos de la colección provienen de la Exposición General de las Islas Filipinas de 1887 en Madrid, promovida por Víctor Balaguer. Las contribuciones de otras figuras de la época colonial también forman parte de la colección.
